Повествование ведётся от лица девятилетнего немецкого мальчика Бруно. Семья Бруно переезжает из Берлина, его отец, офицер СС, получает назначение на должность коменданта лагеря. Новое место жительства — уединённый дом рядом с высоким забором из колючей проволоки.

Бруно знакомится с еврейским мальчиком Шмуэлем, который находится по другую сторону ограждения. Шмуэль одет в «полосатую пижаму» — лагерную робу. Между мальчиками завязывается тайная дружба, они регулярно встречаются у забора, делясь своими мыслями и историями. 

Бруно не осознаёт истинной роли своего отца и что Шмуэль — узник.